Les 6^ème et 5^ème chambres réunies du Conseil d’État sont venues préciser, dans un arrêt du 28 avril 2021 (n° 440734), les incidences de l’annulation, d’une dérogation au régime des espèces protégées, à la fois pour le préfet et pour l’exploitant.

La protection des espèces et de leurs habitats

L’article L.411-1 du code de l’environnement prohibe un certain nombre d’actions qui seraient prises à l’encontre d’habitats naturels, d’espèces de faune et de flore sauvages ou de leurs habitats. Est ainsi instauré un régime juridique qui se veut protecteur du pan le plus fragile de notre biodiversité. Des listes fixant les espèces concernées sont établies par arrêté ministériel. Il en résulte qu’une transgression des dispositions prévues à cet article L.411-1 du code de l’environnement, peut entraîner une mise en cause de la responsabilité de l’intéressé.

Il est par exemple, interdit ; de détruire, de capturer, de transporter, de perturber intentionnellement ou de commercialiser ces espèces, voire même de simplement dégrader ou d’altérer l’habitat des espèces protégées.

Les porteurs de projet doivent par conséquent, vérifier que leur activité ne contrevient pas à cette obligation et le cas échéant, peuvent, en amont, solliciter une dérogation, laquelle est prévue par l’article L.411-2 du code de l’environnement. Il en résulte que cette « autorisation » de déroger au régime de protection des espèces protégées est donc obligatoire lorsqu’un projet impacte des spécimens d’espèces protégées, ou des habitats nécessaires au bon accomplissement du cycle biologique de ces espèces. Par ailleurs, une telle dérogation ne peut être délivrée qu’ « à condition qu’il n’existe pas d’autre solution satisfaisante […] et que la dérogation ne nuise pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle ».

Pour un projet ICPE soumis à autorisation environnementale, le dossier de demande d’autorisation doit être en mesure, soit :

• D’identifier précisément que les travaux portent atteinte aux espèces protégées, et donc comprendre les éléments de la demande de dérogation prévus à l’article D.181-15-5 du code de l’environnement ;
• Ou de démontrer que le projet respecte les interdictions d’activité portant sur les espèces protégées, en justifiant qu’il ne porte pas atteinte aux espèces visées ni à leurs habitats, car la mise en œuvre des mesures d’évitement et de réduction suffit au regard des enjeux.

Conformément à la réglementation, le porteur de projet devra donc inexorablement procéder à une étude d’impact (description du projet, analyse de l’état initial de la zone et des milieux, analyse des impacts…).

  L’opposition à la carrière de Semondans

En l’espèce, un porteur de projet s’était vu reconnaître, le 14 novembre 2014, le droit de déroger à l’interdiction générale d’atteinte aux espèces protégées pour son projet de carrière à Semondans, dans la forêt de la Craie, dans le Doubs. Peu après, la société a donc commencé à exploiter le site et notamment à défricher et décaper la partie Sud. Or, il s’agissait d’un lieu de reproduction d’une vingtaine d’espèces d’oiseaux. Après les travaux, sur 4,5 hectares, ne subsistait plus aucune espèce protégée.

Ce fut alors pour l’exploitant, le début d’une longue aventure contentieuse puisque le premier arrêté du 14 novembre 2014, offrant la possibilité à l’exploitant de déroger au régime des espèces protégées, a été annulé par un jugement du 21 septembre 2017 du tribunal administratif de Besançon, considérant qu’il était insuffisamment motivé. En conséquence de ce jugement, le préfet a édicté un second arrêté (du 26 décembre 2017), lui octroyant une fois encore, cette même dérogation. Hélas, c’était sans compter la ténacité des opposants à ce projet, plus précisément l’Association Des Opposants à la Carrière de Semondans (ADOCS) qui a demandé l’annulation de cet arrêté du 26 décembre 2017. Un jugement en date du 4 juillet 2019 a ainsi annulé ce second arrêté pour les mêmes motifs, à savoir qu’il était insuffisamment motivé, et que le projet, ne présentant pas « un caractère exceptionnel, ni indispensable pour l’approvisionnement en matériaux de qualité du pays de Montbéliard […] ne saurait, par conséquent, être regardé comme constituant une raison impérative d’intérêt public majeur permettant de justifier l’atteinte portée par ce projet au maintien dans un état de conservation favorable des populations d’espèces protégées dans leur aire de répartition naturelle ».

Le préfet du Doubs a donc pris les mesures qui s’imposaient et a prononcé la suspension de l’exploitation, par un arrêté du 4 octobre 2019, en attente de la régularisation de sa situation administrative. La société a ainsi été mise en demeure de déposer un dossier de demande d’autorisation environnementale.

Ayant saisi le tribunal administratif de Besançon, l’exploitant a obtenu, par ordonnance du juge des référés, la suspension de cet arrêté préfectoral, dans la mesure où l’autorisation environnementale ne pouvait plus être requise car le terrain avait été entièrement modifié en application de la première dérogation accordée, et qu’il n’y avait plus d’espèces à protéger. Le ministère de la transition écologique s’est donc pourvu en cassation pour obtenir l’annulation de cette ordonnance.

  Le Conseil d’Etat apporte des précisions quant aux pouvoirs du préfet

La plus haute juridiction administrative française se retrouve notamment confrontée à un problème, qui trouve sa source dans la multiplicité des autorisations dont l’exploitant devait se munir avant la création de l’autorisation environnementale en 2017 ; l’articulation de deux décisions administratives distinctes, l’autorisation d’exploiter et la dérogation au principe de protection des espèces, ainsi qu’en une problématique de droit transitoire (l’application de la loi instaurant l’autorisation unique, dans le temps). Pour rappel, en l’espèce, ce n’était pas l’autorisation d’exploiter qui s’était vue annulée mais la dérogation au régime des espèces protégées prise sur le fondement de l’article L.411-2 du code de l’environnement.

Au regard des éléments de droit, le Conseil d’État a considéré, conformément à une décision antérieure (CE 22 juillet 2020, n° 429610), que l’autorisation environnementale était incomplète en raison de l’annulation de la dérogation au principe de protection des espèces. L’autorisation environnementale, par son incomplétude, ne pouvait alors être considérée comme conforme. L’exploitation du site devait donc être considérée comme irrégulière et il revenait ainsi au représentant de l’État dans le département d’appliquer les dispositions de l’article L.171-7 du code de l’environnement, lequel précise les mesures et sanctions que l’autorité administrative peut prendre lorsqu’un exploitant est en situation irrégulière (mise en demeure de l’exploitant, mesures conservatoires, suspension de l’exploitation…).

Le Conseil d’État a donc prononcé l’annulation de l’ordonnance du juge des référés, et a rejeté la demande présentée par la société devant ce même juge du tribunal administratif de Besançon.

Toutefois, la Haute juridiction ne fait pas table-rase des évènements passés, puisqu’effectivement, lorsque la société a commencé à exploiter son site, cette dernière bénéficiait d’une dérogation tout à fait licite, et ce n’est qu’après les annulations successives que l’exploitant s’est retrouvé en situation irrégulière (bien que ces annulations relèvent d’un problème de fond). Ce cas de figure symbolise sans aucun doute la hantise des exploitants. C’est également une décision qui rappelle aux exploitants de faire preuve de prudence notamment pour les projets soumis à autorisation environnementale car en l’espèce, la société avait pris la décision d’exploiter le site quand bien même un recours en justice était encore pendant et dont le résultat était plus qu’incertain.

Ainsi, les 6^ème et 5^ème chambres précisent qu’il incombe au préfet de : « rechercher si l’exploitation peut légalement être poursuivie en imposant à l’exploitant, par la voie d’une décision modificative de l’autorisation environnementale si elle existe ou par une nouvelle autorisation environnementale, des prescriptions complémentaires ». De plus, « ces prescriptions complémentaires comportent nécessairement les mesures de compensation qui étaient prévues par la dérogation annulée, ou des mesures équivalentes, mais également, le cas échéant, des conditions de remise en état supplémentaires tenant compte du caractère illégal des atteintes portées aux espèces protégées, voire l’adaptation des conditions de l’exploitation et notamment sa durée ».

En d’autres termes, le préfet doit tout de même essayer de concilier la situation de l’exploitant avec la réglementation, lorsque cela est possible, bien entendu. Quant à l’exploitant, il ne peut se prévaloir d’une décision préfectorale antérieure mais déclarée nulle par la suite, pour échapper aux obligations qui lui incombent : en l’espèce le respect de la réglementation afférente aux espèces protégées.